EGO官網(wǎng)入口網(wǎng)址，模擬蛋白質(zhì)的并行分子動力學(xué)計算程序

SPAdes官網(wǎng)入口網(wǎng)址，可以拼接來自多個平臺的測序數(shù)據(jù)

TopHat官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個快速的將RNA-Seq數(shù)據(jù)進(jìn)行快速剪接映射的程序

NovoAlign官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款商業(yè)軟件,但是如果只是科研用途的話,可以直接從其網(wǎng)站上下載到編譯好的程序

HISAT2官網(wǎng)入口網(wǎng)址，是一種快速靈敏的比對程序，用于將下一代測序讀數(shù)（包括DNA和RNA）映射到人類基因組群體（以及單個參考基因組）

Megahit官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于大型和復(fù)雜宏基因組學(xué)NGS讀取的單節(jié)點匯編程序，例如土壤

Phylip官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款很經(jīng)典的構(gòu)建進(jìn)化樹的軟件

MrBayes官網(wǎng)入口網(wǎng)址，使用貝葉斯方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

PAML官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款利用最大似然法對DNA或蛋白質(zhì)序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析的軟件包

GenomeComp官網(wǎng)入口網(wǎng)址，中科院生物物理所生物信息實驗室推出的可視化的微生物基因組比較工具

Velvet官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于拼接短序列組裝

ABySS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個短序列的從頭拼接軟件

Bowtie官網(wǎng)入口網(wǎng)址，超級快速的,較為節(jié)省內(nèi)存的短序列拼接至模板基因組的工具

NAMD官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一套廣為應(yīng)用的并行分子動力學(xué)模擬軟件，是主要用來研究大分子體系的高性能分子模擬軟件

MUMmer官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個快速比對兩個基因組序列的軟件

T-Coffee官網(wǎng)入口網(wǎng)址，準(zhǔn)確度和強(qiáng)大的功能，能夠整合很多信息,如結(jié)構(gòu)信息,實驗數(shù)據(jù)等用于序列比對

SAMtools官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一套與高通量測序數(shù)據(jù)交互的程序

InterProScan官網(wǎng)入口網(wǎng)址，通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點數(shù)據(jù)庫預(yù)測蛋白質(zhì)功能

ClustalW-MPI官網(wǎng)入口網(wǎng)址，并行ClustalW

ClustalW2官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一種漸進(jìn)的多序列比對方法,先將多個序列兩兩比對構(gòu)建距離矩陣,反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系

GROMACS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于研究生物分子體系的分子動力學(xué)程序包

HMMER官網(wǎng)入口網(wǎng)址，基于隱馬爾可夫模型,用于生物序列分析工作的一個非常強(qiáng)大的軟件包,它的一般用途是識別同源蛋白或核苷酸序列和進(jìn)行序列比對

EMBOSS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，歐洲分子生物學(xué)開放軟件包,一個開源的序列分析軟件包

mpiBLAST官網(wǎng)入口網(wǎng)址，NCBI BLAST的免費(fèi)開源并行實現(xiàn)。通過數(shù)據(jù)庫碎片，查詢分段，智能調(diào)度和并行I/O有效利用分布式計算資源，mpiBLAST將NCBI BLAST性能提高了幾個數(shù)量級，同時擴(kuò)展到數(shù)百個處理器。

通過搜索蛋白質(zhì)或DNA數(shù)據(jù)庫，或通過識別序列中的局部重復(fù)，找到蛋白質(zhì)或DNA序列之間的局部或全局相似性區(qū)域

分子動力學(xué)相關(guān)的一些計算和模擬工作

序列組裝程序