XCrySDen官網入口網址，從頭計算、DFT和半經驗的從頭電子結構SCF-MO程序包，可以處理環境的影響和相對論效應，特別著重于開殼層分子的光譜計算

ORCA官網入口網址，從頭計算、DFT和半經驗的從頭電子結構SCF-MO程序包，可以處理環境的影響和相對論效應，特別著重于開殼層分子的光譜計算

Multiwfn官網入口網址，能最全面、最易于使用、效率最高而且完全開源免費的波函數分析程序

SIESTA官網入口網址，用于分子和固體的電子結構計算和分子動力學模擬

BerkeleyGW官網入口網址，可用于計算從周期性體相晶體到納米結構多種材料（如二維平面、一維線和分子）的準粒子性質和光學響應

WanT官網入口網址，用于模擬納米結構的量子輸運性質（電導），通過實空間的Wannier function來描述體系的哈密頓量

PSI4官網入口網址，一款開源的從頭計算量子化學軟件

Yambo官網入口網址，一款從頭計算軟件，在多體微擾論及含時密度泛函理論框架下計算電子系統的準粒子能量和光學性質

DL_POLY官網入口網址，一款通用的經典分子動力學軟件，能方便地在分布式存儲并行計算機上對大分子、聚合物、離子系統和溶液進行分子動力學模擬

Octopus官網入口網址，一款贗勢實空間軟件包，用于含時電磁場下的一、二及三維有限系統的電子-離子動力學模擬

TURBOMOLE官網入口網址，進行HF，DFT，MP2計算最快最穩定的代碼之一

CP2K官網入口網址，一款著名的從頭算分子動力學軟件

MPQC官網入口網址，大型并行量子化學軟件；支持密度泛函（DFT）

CPMD官網入口網址，密度泛函平面波贗勢代碼，一款用于分子動力學從頭計算的開源軟件

Blast官網入口網址，能夠實現比較兩段核酸或者蛋白序列之間的同源性的功能

DOCK官網入口網址，Kuntz研究小組發展的分子對接程序，可能是目前應用最為廣泛的分子對接程序之一

AUTODOCK官網入口網址，主要應用于執行配體—蛋白分子對接

TINKER官網入口網址，一般性分子動力學軟件,對生物體系略有偏重，優點支持多種模型

CFOUR官網入口網址，以做耦合簇見長的從頭算程序，同時也支持HF、微擾、CI、QCI計算

GAMESS官網入口網址，從頭計算量子化學程序。可以從RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF計算波函，其中一些使用CI和MP2修正

NWChem官網入口網址，使用標準量子力學方法描述電子波函數或密度，計算分子和周期性系統的特性，還可進行經典分子動力學和自由能模擬

用途廣泛的軟件包，一個高度通用的，進行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子動力學軟件包