EGO官網入口網址，模擬蛋白質的并行分子動力學計算程序

SPAdes官網入口網址，可以拼接來自多個平臺的測序數據

TopHat官網入口網址，一個快速的將RNA-Seq數據進行快速剪接映射的程序

NovoAlign官網入口網址，一款商業軟件,但是如果只是科研用途的話,可以直接從其網站上下載到編譯好的程序

HISAT2官網入口網址，是一種快速靈敏的比對程序，用于將下一代測序讀數（包括DNA和RNA）映射到人類基因組群體（以及單個參考基因組）

Megahit官網入口網址，用于大型和復雜宏基因組學NGS讀取的單節點匯編程序，例如土壤

Phylip官網入口網址，一款很經典的構建進化樹的軟件

MrBayes官網入口網址，使用貝葉斯方法構建系統發育樹

PAML官網入口網址，一款利用最大似然法對DNA或蛋白質序列進行系統發育分析的軟件包

GenomeComp官網入口網址，中科院生物物理所生物信息實驗室推出的可視化的微生物基因組比較工具

Velvet官網入口網址，用于拼接短序列組裝

ABySS官網入口網址，一個短序列的從頭拼接軟件

Bowtie官網入口網址，超級快速的,較為節省內存的短序列拼接至模板基因組的工具

NAMD官網入口網址，一套廣為應用的并行分子動力學模擬軟件，是主要用來研究大分子體系的高性能分子模擬軟件

MUMmer官網入口網址，一個快速比對兩個基因組序列的軟件

T-Coffee官網入口網址，準確度和強大的功能，能夠整合很多信息,如結構信息,實驗數據等用于序列比對

SAMtools官網入口網址，一套與高通量測序數據交互的程序

InterProScan官網入口網址，通過蛋白質結構域和功能位點數據庫預測蛋白質功能

ClustalW-MPI官網入口網址，并行ClustalW

ClustalW2官網入口網址，一種漸進的多序列比對方法,先將多個序列兩兩比對構建距離矩陣,反應序列之間兩兩關系

GROMACS官網入口網址，用于研究生物分子體系的分子動力學程序包

HMMER官網入口網址，基于隱馬爾可夫模型,用于生物序列分析工作的一個非常強大的軟件包,它的一般用途是識別同源蛋白或核苷酸序列和進行序列比對

EMBOSS官網入口網址，歐洲分子生物學開放軟件包,一個開源的序列分析軟件包

mpiBLAST官網入口網址，NCBI BLAST的免費開源并行實現。通過數據庫碎片，查詢分段，智能調度和并行I/O有效利用分布式計算資源，mpiBLAST將NCBI BLAST性能提高了幾個數量級，同時擴展到數百個處理器。

通過搜索蛋白質或DNA數據庫，或通過識別序列中的局部重復，找到蛋白質或DNA序列之間的局部或全局相似性區域

分子動力學相關的一些計算和模擬工作

序列組裝程序