XCrySDen官網(wǎng)入口網(wǎng)址，從頭計(jì)算、DFT和半經(jīng)驗(yàn)的從頭電子結(jié)構(gòu)SCF-MO程序包，可以處理環(huán)境的影響和相對(duì)論效應(yīng)，特別著重于開(kāi)殼層分子的光譜計(jì)算

ORCA官網(wǎng)入口網(wǎng)址，從頭計(jì)算、DFT和半經(jīng)驗(yàn)的從頭電子結(jié)構(gòu)SCF-MO程序包，可以處理環(huán)境的影響和相對(duì)論效應(yīng)，特別著重于開(kāi)殼層分子的光譜計(jì)算

Multiwfn官網(wǎng)入口網(wǎng)址，能最全面、最易于使用、效率最高而且完全開(kāi)源免費(fèi)的波函數(shù)分析程序

SIESTA官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于分子和固體的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算和分子動(dòng)力學(xué)模擬

BerkeleyGW官網(wǎng)入口網(wǎng)址，可用于計(jì)算從周期性體相晶體到納米結(jié)構(gòu)多種材料（如二維平面、一維線和分子）的準(zhǔn)粒子性質(zhì)和光學(xué)響應(yīng)

WanT官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于模擬納米結(jié)構(gòu)的量子輸運(yùn)性質(zhì)（電導(dǎo)），通過(guò)實(shí)空間的Wannier function來(lái)描述體系的哈密頓量

PSI4官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款開(kāi)源的從頭計(jì)算量子化學(xué)軟件

Yambo官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款從頭計(jì)算軟件，在多體微擾論及含時(shí)密度泛函理論框架下計(jì)算電子系統(tǒng)的準(zhǔn)粒子能量和光學(xué)性質(zhì)

DL_POLY官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款通用的經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)軟件，能方便地在分布式存儲(chǔ)并行計(jì)算機(jī)上對(duì)大分子、聚合物、離子系統(tǒng)和溶液進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬

Octopus官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款贗勢(shì)實(shí)空間軟件包，用于含時(shí)電磁場(chǎng)下的一、二及三維有限系統(tǒng)的電子-離子動(dòng)力學(xué)模擬

TURBOMOLE官網(wǎng)入口網(wǎng)址，進(jìn)行HF，DFT，MP2計(jì)算最快最穩(wěn)定的代碼之一

CP2K官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款著名的從頭算分子動(dòng)力學(xué)軟件

MPQC官網(wǎng)入口網(wǎng)址，大型并行量子化學(xué)軟件；支持密度泛函（DFT）

CPMD官網(wǎng)入口網(wǎng)址，密度泛函平面波贗勢(shì)代碼，一款用于分子動(dòng)力學(xué)從頭計(jì)算的開(kāi)源軟件

Blast官網(wǎng)入口網(wǎng)址，能夠?qū)崿F(xiàn)比較兩段核酸或者蛋白序列之間的同源性的功能

DOCK官網(wǎng)入口網(wǎng)址，Kuntz研究小組發(fā)展的分子對(duì)接程序，可能是目前應(yīng)用最為廣泛的分子對(duì)接程序之一

AUTODOCK官網(wǎng)入口網(wǎng)址，主要應(yīng)用于執(zhí)行配體—蛋白分子對(duì)接

TINKER官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一般性分子動(dòng)力學(xué)軟件,對(duì)生物體系略有偏重，優(yōu)點(diǎn)支持多種模型

CFOUR官網(wǎng)入口網(wǎng)址，以做耦合簇見(jiàn)長(zhǎng)的從頭算程序，同時(shí)也支持HF、微擾、CI、QCI計(jì)算

GAMESS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，從頭計(jì)算量子化學(xué)程序。可以從RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF計(jì)算波函，其中一些使用CI和MP2修正

NWChem官網(wǎng)入口網(wǎng)址，使用標(biāo)準(zhǔn)量子力學(xué)方法描述電子波函數(shù)或密度，計(jì)算分子和周期性系統(tǒng)的特性，還可進(jìn)行經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)和自由能模擬

用途廣泛的軟件包，一個(gè)高度通用的，進(jìn)行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型的分子動(dòng)力學(xué)軟件包