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原標題：無實驗數(shù)據(jù)指導(dǎo)蛋白質(zhì)定向進化，上海交大洪亮課題組發(fā)表微環(huán)境感知圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò) ProtLGN
關(guān)鍵字：蛋白質(zhì),突變,模型,氨基酸,突變體
文章來源：HyperAI超神經(jīng)
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作者：加零
編輯：李寶珠，三羊
上海交通大學(xué)洪亮課題組研發(fā)了一種名為 PROTLGN 的微環(huán)境感知圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，能夠從蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)中學(xué)習(xí)并預(yù)測有益的氨基酸突變位點，指導(dǎo)具有不同功能白質(zhì)單位點突變和多位點突變設(shè)計。在現(xiàn)代生物技術(shù)和醫(yī)藥研究中，蛋白質(zhì)工程扮演著至關(guān)重要的角色。通過修改蛋白質(zhì)的氨基酸序列，蛋白質(zhì)工程可以改善或賦予蛋白質(zhì)新的生物化學(xué)性質(zhì)，如增強酶的催化效率、提高藥物的親和力或改善其熱穩(wěn)定性。這些改進對于開發(fā)新藥、治療疾病以及提高生物制造的效率等方面都是非常關(guān)鍵的。
蛋白質(zhì)工程需要從數(shù)以萬計的候選突變體中篩選出最優(yōu)突變體，其中的有利突變是指那些能夠改善蛋白質(zhì)某一或多個生物化學(xué)屬性的遺傳變異，增強蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性、親和力、選擇性或催化效率，使其更適合特定的應(yīng)用。然而，通過實驗驗證高適應(yīng)性突變體的成本大、時間長，此外，多個有益突變的組合往往會受到負表觀遺傳效應(yīng)的影響，使得蛋白質(zhì)的功能因突變而降低，這些因素都在不同程度上增加了高效蛋白質(zhì)設(shè)計的復(fù)雜性。
近幾年，基于深度學(xué)習(xí)的預(yù)測與篩選方法在實際應(yīng)用中得到了驗證與應(yīng)用：通過分析大量數(shù)據(jù)，學(xué)習(xí)蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系，能夠提高蛋白質(zhì)設(shè)計的

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文章來源：HyperAI超神經(jīng)
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作者簡介：解構(gòu)技術(shù)先進性與普適性，解讀更前沿的 AIForScience 案例