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原標題:「AI+物理先驗知識」,浙大、中國科學院通用蛋白質-配體相互作用評分方法登Nature子刊
關鍵字:蛋白質,方法,數據,評分,節點
文章來源:人工智能學家
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蛋白質就像是身體中的精密鎖具,而藥物分子則是鑰匙,只有完美契合的鑰匙才能解鎖治療之門。科學家們一直在尋找高效的方法來預測這些「鑰匙」和「鎖」之間的匹配度,即蛋白質-配體相互作用。
然而,傳統的數據驅動方法往往容易陷入「死記硬背」,記住配體和蛋白質訓練數據,而不是真正學習它們之間的相互作用。
近日,浙江大學和中國科學院研究團隊,提出了一種名為 EquiScore 的新型評分方法,利用異構圖神經網絡整合物理先驗知識,并在等變幾何空間中表征蛋白質-配體相互作用。
EquiScore 基于一個新數據集進行訓練,該數據用多種數據增強策略和嚴格的冗余消除方案構建。
在兩個大型外部測試集上,與其他 21 種方法相比,EquiScore 始終名列前茅。當 EquiScore 與不同的對接方法一起使用時,它可以有效增強這些對接方法的篩選能力。EquiScore 在一系列結構類似物的活性排序任務中也表現出色,表明其具有指導先導化合物優化的潛力。
最后,研究了 EquiScore 的不同可解釋性水平,這
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