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原標題：打破AlphaFold大模型局限，世界最大蛋白質相互作用數據集AlphaSeq橫空出世
關鍵字：蛋白質,細胞,數據,酵母,模型
文章來源：新智元
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新智元報道編輯：喬楊
【新智元導讀】雖然AlphaFold等系列的大模型已經在蛋白質預測方面取得了前所未有的突破，但依舊無法勝任蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）這種復雜的任務。初創公司A-Alpha Bio的PPI數據集AlphaSeq，有望補足這方面的技術短板。隨著最近AlphaFold 3和ESM 3的相繼推出，我們看到了深度學習在生物學領域的無限潛力。
然而，Dyno Therapeutics的高級機器學習工程師Abihishaike Mahajan在上個月發布的一篇博文中指出了潛在的增長危機。
他認為，AlphaFold系列所取得的成果，即將一個強大的深度學習模型應用于一個已經存在大量數據的領域，從而引發一場徹底的——這是極難復制的。
原因還是數據。我們幾乎用盡了所有預先存在的數據，未經訓練的蛋白質結構和序列正在枯竭，RNA和DNA也是如此。
要想進一步訓練模型，發掘更多來源和模態的數據是必不可少的。Mahajan指出，理想情況下，這樣的數據應該滿足3個條件：
– 具有復雜的潛在分布
– 與重要的生理現象高度相關
– 適合大規模收集
在生物學領域，有很多數據可以滿足前兩個

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