Bowtie官網入口網址，超級快速的,較為節省內存的短序列拼接至模板基因組的工具

NAMD官網入口網址，一套廣為應用的并行分子動力學模擬軟件，是主要用來研究大分子體系的高性能分子模擬軟件

MUMmer官網入口網址，一個快速比對兩個基因組序列的軟件

T-Coffee官網入口網址，準確度和強大的功能，能夠整合很多信息,如結構信息,實驗數據等用于序列比對

SAMtools官網入口網址，一套與高通量測序數據交互的程序

InterProScan官網入口網址，通過蛋白質結構域和功能位點數據庫預測蛋白質功能

ClustalW-MPI官網入口網址，并行ClustalW

ClustalW2官網入口網址，一種漸進的多序列比對方法,先將多個序列兩兩比對構建距離矩陣,反應序列之間兩兩關系

GROMACS官網入口網址，用于研究生物分子體系的分子動力學程序包

HMMER官網入口網址，基于隱馬爾可夫模型,用于生物序列分析工作的一個非常強大的軟件包,它的一般用途是識別同源蛋白或核苷酸序列和進行序列比對

EMBOSS官網入口網址，歐洲分子生物學開放軟件包,一個開源的序列分析軟件包

mpiBLAST官網入口網址，NCBI BLAST的免費開源并行實現。通過數據庫碎片，查詢分段，智能調度和并行I/O有效利用分布式計算資源，mpiBLAST將NCBI BLAST性能提高了幾個數量級，同時擴展到數百個處理器。

Elmer官網入口網址，開發的多物理場模擬軟件，可進行基于有限元方法的流體力學、結構力學、聲學、熱力學模擬

CAST3M官網入口網址，一款用于結構分析的有限元軟件，適合固體、流體、傳熱等多領域問題，集成了前后處理和求解器

Fds官網入口網址，一款用于處理火災驅動的流體流動的計算流體力學CFD軟件

OpenLB官網入口網址，一個c++庫,實現了晶格玻爾茲曼模擬這一應用廣泛的計算流體動力學問題

Salome官網入口網址，為數值計算提供預處理和后處理的開放源代碼的通用平臺，由眾多可再用組件構成，這些組件適用于多種硬件架構

Code_Saturn官網入口網址，由EDF自1997年起自主研發的一款通用計算流體力學開源軟件

Code_Aster官網入口網址，結構力學數值模擬的免費軟件，主要由EDF研發部門的“機械和聲學分析”部門開發

Palobos官網入口網址，基于ＬＢＭ方法的計算流體軟件，主要用于流體模擬

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XCrySDen官網入口網址，從頭計算、DFT和半經驗的從頭電子結構SCF-MO程序包，可以處理環境的影響和相對論效應，特別著重于開殼層分子的光譜計算

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BerkeleyGW官網入口網址，可用于計算從周期性體相晶體到納米結構多種材料（如二維平面、一維線和分子）的準粒子性質和光學響應

WanT官網入口網址，用于模擬納米結構的量子輸運性質（電導），通過實空間的Wannier function來描述體系的哈密頓量

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