COSMOMC官網(wǎng)入口網(wǎng)址，宇宙學和天體物理研究中經(jīng)常用到的一款重要的程序包

GADGET-2官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個極為流行的宇宙學模擬程序

MM5官網(wǎng)入口網(wǎng)址，中尺度天氣預報模式

CMAQ官網(wǎng)入口網(wǎng)址，通過整合多個相關(guān)科學規(guī)律模擬空氣質(zhì)量問題發(fā)生的全過程

SELFE(ELCIRC)官網(wǎng)入口網(wǎng)址，基于非結(jié)構(gòu)化三角形網(wǎng)格，專為有效模擬三維斜壓循環(huán)而設計

CESM官網(wǎng)入口網(wǎng)址，程序主要分為模擬大氣、地表、海洋和海冰四大部分

Cubep3m官網(wǎng)入口網(wǎng)址，專門為高度并行而設計的N體數(shù)值模擬程序，利用MPI和OpenMP兩層并行結(jié)構(gòu)對N體問題Particle-Mesh算法進行加速

FVCOM官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于多尺度，多物理的海洋動力學模型模擬計算，對研究水體采用非結(jié)構(gòu)網(wǎng)格劃分

WRF官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個應用廣泛的開源氣象模擬軟件

MPB官網(wǎng)入口網(wǎng)址，免費的開源軟件包，用于計算串行和并行計算機上的頻帶結(jié)構(gòu)，色散關(guān)系和周期性介電結(jié)構(gòu)的電磁模式

Meep官網(wǎng)入口網(wǎng)址，免費的開源軟件包，用于通過有限差分時域（FDTD）方法模擬電磁系統(tǒng)

Phonopy官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個由python編譯實現(xiàn)的的晶體聲子分析程序，基于第一性原理的聲子計算軟件的免費軟件

GPAW官網(wǎng)入口網(wǎng)址，性能與VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛函理論（DFT）Python代碼

Smeagol官網(wǎng)入口網(wǎng)址，基于密度泛函理論(DFT)和非平衡格林函數(shù)疏運方法(NEGF)的從頭電子疏運代碼

DACAPO官網(wǎng)入口網(wǎng)址，基于密度泛函理論計算總量的程序

PWmat官網(wǎng)入口網(wǎng)址，原子尺度方面的材料模擬軟件包，它基于第一性原理，利用平面波基組、贗勢方法進行電子結(jié)構(gòu)計算、分子動力學模擬

ABACUS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，（UStc的基于原子軌道的從頭計算）是一個開源計算機代碼目標是從第一原理開始的大規(guī)模電子結(jié)構(gòu)模擬

CALYPSO官網(wǎng)入口網(wǎng)址，（粒子群優(yōu)化的晶體結(jié)構(gòu)分析）是一種有效的結(jié)構(gòu)預測方法及其同名計算機軟件

Quantum ESPRESSO官網(wǎng)入口網(wǎng)址，免費，用于電子結(jié)構(gòu)計算和材料建模的從頭算量子化學方法的軟件套件

Wannier90官網(wǎng)入口網(wǎng)址，Wannier90使用Marzari和Vanderbilt的方法(MV)進行最大局域化瓦尼爾函數(shù)計算

EGO官網(wǎng)入口網(wǎng)址，模擬蛋白質(zhì)的并行分子動力學計算程序

SPAdes官網(wǎng)入口網(wǎng)址，可以拼接來自多個平臺的測序數(shù)據(jù)

TopHat官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個快速的將RNA-Seq數(shù)據(jù)進行快速剪接映射的程序

NovoAlign官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款商業(yè)軟件,但是如果只是科研用途的話,可以直接從其網(wǎng)站上下載到編譯好的程序

HISAT2官網(wǎng)入口網(wǎng)址，是一種快速靈敏的比對程序，用于將下一代測序讀數(shù)（包括DNA和RNA）映射到人類基因組群體（以及單個參考基因組）

Megahit官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于大型和復雜宏基因組學NGS讀取的單節(jié)點匯編程序，例如土壤

Phylip官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款很經(jīng)典的構(gòu)建進化樹的軟件

MrBayes官網(wǎng)入口網(wǎng)址，使用貝葉斯方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

PAML官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款利用最大似然法對DNA或蛋白質(zhì)序列進行系統(tǒng)發(fā)育分析的軟件包

GenomeComp官網(wǎng)入口網(wǎng)址，中科院生物物理所生物信息實驗室推出的可視化的微生物基因組比較工具

Velvet官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于拼接短序列組裝

ABySS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個短序列的從頭拼接軟件